ペルシア戦争後、ロドスの町々（リンドス、イアーリュソス、カメイロス）はデーロス同盟に参加しました。そのため、BC 431年から始まるペロポネーソス戦争では、これらの町々はアテーナイ側で戦いました。ペロポネーソス戦争というのは、ギリシア諸都市がアテーナイ側とスパルタ側に分かれて戦った戦争です。BC 415年にアテーナイはシケリア（シシリー島）遠征を行ないましたが、その際にロドスの軍勢が参加しています。とはいえ、ここまではロドス島は戦場からは遠く離れていたために、戦争の被害はあまりありませんでした。しかしBC 413年にアテーナイとその同盟国のシケリア遠征軍が壊滅すると事情が変りました。今度は小アジアのエーゲ海側に戦場が移り、ロドス島にも戦雲が迫ってきました。
BC 412年、ロドス３都市の富裕者階級はスパルタ側への寝返りを画策しました。これは北のキオス島で起きたのと同じような事情だったのだと推測します（「キオスの反乱（１）（２）を参照下さい。）。つまり、国内の富裕層と一般庶民との間の対立がそれぞれを一方はスパルタ支持に、もう片方をアテーナイ支持に向かわせたのでした。
他方、ペロポネーソス勢は、ロドス島で最も有力な市民から協力の申し入れを受けて、ロドスへ船隊を進める方針を立てた。（中略）こうしてかれらはこの冬が終るのを待たず、ただちにクニドスから発進し、先ず最初に船隊九十四艘をロドス島のカメイロスに接岸させたが、この間の両者の秘密交渉について何も知らされていなかった一般市民は驚き逃げようとした。この町には城壁の備えがなかったことも、市民に恐怖をあたえたとりわけ大きい原因となっていた。しかしその後、ラケダイモーン人らはこれら市民ならびに、リンドスとイエーリュソス両市の市民らの民議会を招集し、説得のすえついにアテーナイから離叛することを承知させた。こうしてロドス島はペロポネーソス側に組することとなったのである。
トゥーキュディデース著「戦史」巻８・４４ から
このあとロドス島がどうなったのか、残念ながらトゥーキュディデースは書いていません。全般的な話としては、幸いにもその後戦場はもっと北のヘレースポントス海域（現代のダーダネルス海峡）に移ったので、ロドス島近海での戦いはそれほどなかったようです。
まだ、ペロポネーソス戦争の決着がついていないBC 408年に、リンドス、イアーリュソス、カメイロスの３市は共同で、島の東端に新しい町を建設しました。すでにBC 412年のスパルタ側への寝返りの際、3都市の富裕者階級が事前に合意していたようであることから、富裕者階級ではこのころから共同歩調を取るようになっていたようです。それが進んで、ここに3都市合同が成ったということのようです。この新しい町はこの都市は碁盤の目状に道路を走らせたいわゆるヒッポダモス方式で設計され、ロドス市と名付けられました（ヒッポダモスについては「ミーレートス（２７．最終回）：復興」を参照下さい。ミーレートスのヒッポダモス自身がこの都市の設計に関わったという伝承もありますが、私は年齢的に無理であろうと考えています）。
ロドス市建設により、リンドスの大部分の市民はロドス市に移住しました。そしてロドス市は繁栄していきました。それでもリンドスは、そこにあるアテーナー・リンディアとヘーラクレース神殿が名高かったために、その重要性を失いませんでした。ロドス市建設から77年後のことですが、有名なアレクサンドロス大王もペルシア王国征服の途中に、アテーナー・リンディアに奉献を行なっています。
